یکی از مسائل اساسی در روابط مالی میان دولت و شرکت‌های پالایشی، نحوه قیمت‌گذاری نفت خام تحویلی به پالایشگاه‌ها و تعیین تکلیف فرآورده‌های تولیدی است. تداوم سازوکارهای غیرشفاف و فاصله گرفتن از احکام قانونی، علاوه بر ایجاد اختلاف میان دولت و پالایشگاه‌ها، انگیزه سرمایه‌گذاری برای بهبود کیفیت و تغییر سبد تولید را کاهش می‌دهد. اجرای دقیق قانون هدفمند کردن یارانه‌ها، قانون اصلاح ساختار بودجه و قانون برنامه هفتم می‌تواند این وضعیت را اصلاح کند.